Один из старейших монастырей Поволжья, Спасо-Преображенский монастырь был основан около 1680 года у подножия Соколовой горы. До 1694 года монастырь назывался Богородицким, затем Четырехсвятским, с 1761 года — Спасским и с 1764 года — Спасо-Преображенским. вВ 1811 году, сгорел. Основан на новом месте в 1814 году, открыт в 1822 году.
В годы гонений монастырь был закрыт, в начале 30-х годов разобран. Здание храма, не поддававшееся ударам кирок и молотков, было взорвано. Участок, который занимал монастырь, был передан «для нужд военного ведомства». Министерство обороны СССР устроило на территории Спасо-Преображенского монастыря пехотное училище. Впоследствии оно было преобразовано в Высшее военное инженерное училище радиационной и биологической защиты, которое просуществовало здесь до 2009 года, после закрытия которого обитель получила возможность возрождения.
Распоряжением Правительства РФ № 1593-р от 24 сентября 2010 года комплекс зданий бывшего Спасо-Преображенского мужского монастыря г. Саратова передан Саратовской епархии.