В районе горы Большое Богдо и озера Баскунчак находятся нехарактерные для рельефа Астраханской области природные образования – карстовые воронки, балки и пещеры. Их наличие здесь обусловлено действием талых и дождевых вод, размывающих распространенную в этом районе мягкую гипсовую породу.
Всего в этом районе насчитывается около 40 пещер, самая большая из которых – Баскунчакская.
Пещера является самой большой в Прикаспии – она имеет длину около 1500 метров и максимальную глубину более 30 метров! В верхней части пещера представляет из себя сложный лабиринт, а в нижней, меандровую систему. В любое время года температура воздуха в пещере около 8˚С, влажность 98-99 %.